Arheološki odjel
Najstariji je odjel porečkog muzeja. Njegovo formiranje je započelo 1884. godine osnivanjem Istarskog pokrajinskog arheološkog muzeja, čiji je pravni slijednik današnji Muzej. Prvi muzejski fundus sastojao se od privatnih donacija sakupljača starina te materijala pronađenih u arheološkim istraživanjima. U prvoj polovici 20. stoljeća veći dio arheološkog muzejskog fundusa prebačen je u pulski i tršćanski muzej, a preostali dio uklopio se u međuratni Gradski muzej za umjetnost i povijest, gdje je arheološka zbirka zauzimala posebno mjesto.
U poslijeratnoj fazi porečke muzejske institucije najzaslužnija osoba za prikupljanje arheološkog materijala bio je ravnatelj muzeja Ante Šonje, koji je obilazeći teren otkrivao nalazišta, prikupljao podatke i građu. Fundus se Arheološkog odjela stalno povećavao predmetima prikupljenim daljnjim terenskim radom, zaštitnim i sustavnim istraživanjima.